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近日,我院占思琦、徐志展、王涛涛、李芳丽组成的科研团队在国际学术期刊《Journal of King Saud University Computer and Information Sciences》发表原创研究论文《iEnhancer-XLNet3D: an enhancer identification method based on 3-mer tokenization optimization and encoder deep perception》,其中占思琦为第一作者,徐志展为通讯作者。该期刊为SCIE收录期刊,最新影响因子为6.4,位列“Computer Science, Information Systems”学科JCR Q1区,并入选中国科学院计算机科学大类二区、计算机信息系统小类二区。
论文面向DNA增强子序列模式复杂、上下文依赖显著及传统方法难以兼顾全局表征与局部调控特征提取的问题,提出了iEnhancer-XLNet3D智能预测框架。该框架通过重叠3-mer标记化策略重构面向基因组序列的XLNet编码器,利用多层编码特征融合机制整合不同网络深度所表征的多粒度信息,并引入双重深度可分离卷积模块,对增强子相关局部模式进行进一步精炼,实现了DNA序列全局上下文依赖与局部功能特征的协同建模。在标准独立测试集上,该模型在增强子识别和增强子活性强度分类任务中的AUC分别达到86.7%和96.6%,并在统一实验条件下与DNABERT-2、Nucleotide Transformer等代表性基因组预训练模型展现出良好的综合竞争力。该成果体现了我校教师在人工智能方法与功能基因组学深度融合方面的持续探索,为DNA顺式调控元件的计算识别与智能分析提供了新的技术思路和方法支撑。
论文第一作者占思琦,博士在读,高级工程师,信息工程学院专任教师,主要研究人工智能与生物信息交叉计算方向。入职以来,她以第一作者或通讯作者身份完成5篇录用/见刊论文,包含SCI二区、三区及中文核心期刊;主持市厅级、校级课题各1项,拥有授权发明专利1项。教学中同步推进科研育人,指导 1项国家级大创项目,2024至2026年指导学生参与学科竞赛累计获奖30余项,其中国家级5项、省级20余项。本篇论文是她及团队长期深耕交叉研究方向取得的阶段性成果。
该论文的发表,丰富了我校计算机交叉学科的学术产出,体现了学院教师在智能计算与生物序列分析领域持续稳定的科研探索。